¡Me lo han dado!

Se me ha ocurrido utilizar mi programa (PFC Quick) hoy, para ver si había nuevos proyectos de fin de carrera adjudicados. Un esperanzador mensaje aparecía en mi pantalla:

gon@gon-linux:~/perl/pfcquick$ perl pfcquick_0.1beta.pl
Bienvenido a PFC Quick v0.1beta

Aguarda un momento por favor...
Espera mientras se actualiza PFC Quick
Esto puede tardar unos segundos, dependiendo de la velocidad de tu conexión

El nuevo archivo de PFC en Biología se ha bajado correctamente
EXISTE UNA ACTUALIZACIÓN
Visita http://www.uam.es/centros/ciencias/estucien/proyectosfindecarrera.htm para bajarte el documento

PFC Quick v0.1beta (c) 2007 thebergencalling corporation

Al echar un vistazo al archivo de la UAM, he descubierto que me han dado el proyecto que pedí. El único proyecto que solicité.

"Estudio de los mecanismos de evolución estructural en proteínas"
Ramírez Ortiz, Ángel, Unidad de Bioinformática

Ha sido una gran noticia, después de una larga e intensa noche.

El diseño inteligente

Para los más frikis: proteínas musicales

Son cosas que pasan. Gracias a un blog de bioinformática, me he enterado de que por fin (oh sí, por fin) podemos escuchar cómo suenan las proteínas. El post lo explica en términos generales, y no voy a entrar en detalles porque para eso está la página oficial del proyecto: gene2music.
Mucho cuidadito que es cosa seria... En Genome Biology ha salido publicado el artículo y todo.

Por supuesto, para los más curiosos, en la página del proyecto hay ejemplos en midi.

En breve, más.

Eppendorfs naranjas y demás parafernalia

He llegado a casa esta noche y mis compañeras de piso estaban viendo CSI Miami. En una de las escenas de laboratorio, a parte de los Eppendorfs naranjas semitransparentes que tanto juego dan en la serie, he visto la centrifugadora de mesa que uso en el labo (Minispin Eppendorf) y, por supuesto, lo he comentado con ellas.

Una de ellas me ha preguntado si eso es lo que hago en el boratorio, refiriéndose al tema policíaco y tal. Quizás la gente que no estudia biología o no tiene contacto con ella piensa que todas las investigaciones tienen propósitos policíacos o, por lo menos, sanitarios. Investigación médica, biomedicina y tal. Me he puesto a pensar en qué responderle, y no he sabido muy bien qué decirle. Sinceramente, lo que más miedo me da de trabajar en un laboratorio es caer en la monotonía de las pipetas, alienarme completamente de lo bonito de la ciencia; cuando los procedimientos se convierten en el porqué y los objetivos se diluyen en una dimensión desconocida. Pipetear por pipetear.

Supongo que para no volverse loco y caer en tan tremenda desdicha, no hay que alejarse nunca de aquél que dirije el proyecto, ya sea alguien que merodea por el labo con un bigote amarillo y blanco o tú mismo. Y creo que no es facil. Muchas veces él mismo está lejos de preguntarse el por qué empezó a estudiar.

¿Por qué estoy trabajando para resolver una estructura de una proteína? ¿Tiene algún objetivo médico? No lo creo. La doctoranda que lleva el proyecto junto a mi profesor lo tiene bastante claro: tiene que publicar uno o dos papers. Ese es su porqué, no creo que sus objetivos pasen por salvar vidas o cambiar el mundo. Me da un poco de miedo el acercarme tanto a las cosas pequeñas que al final se me olvide que las observamos para entender cómo funcionan las cosas grandes y, a fin de cuentas, cómo funcionamos nosotros.

Mañana me dan la llave

Últimamente todo tiene que ver con las llaves. Ya tengo las de mi nuevo piso desde hace un par de semanas, a pesar de que sólo me he mudado parcialmente, y mañana me dan LA LLAVE. Esa llave que abre las puertas del HIB, el High-Technology Center de Bergen a cualquier hora del día y de la noche. Acceso a los laboratorios. Allí estoy metido hasta el cuello en un proyecto de proteómica. Por ahora me ahogo con la cantidad de cosas que tengo que hacer en un laboratorio de un tamaño que se me hace completamente incomprensible. Floto entre pipetas, purificadores de proteínas, centrifugadoras y Eppendorfs. Tengo mi propia silla, mi papel de filtro y mis pipetas automáticas. Sí, un juego de micropipetas PARA MÍ. Neveras rebosantes de medios de cultivo, compuestos tóxicos y demás. El director del proyecto está entusiasmado conmigo, por eso de que soy español, supongo, porque aún no he empezado a pipetear.
Estamos trabajando sobre la estructura de RACK1, una proteína al parecer muy similar a la subunidad beta de las proteínas heterotriméricas G. He estado echando un vistazo a la estructura tridimensional de la Gbeta con RasMol (imagen de arriba) y hoy en cuanto tenga un hueco (quizás antes del curso de noruego que empieza en menos de tres cuartos de hora) jugaré con el modelo de homología que han preparado en el labo. Se han basado en la Gbeta, por supuesto, y hay algunas cosas que (hasta para mí) saltan a la vista que no pueden ser.
En todo caso, lo que voy a tener que hacer está a medio camino entre la bioinformática, para los modelos de homología, y la molecular clásica de labo: en un par de semanas empezaré a preparar los plásmidos para purificar RACK1 con unas mutaciones localizadas. Básicamente vamos a estudiar en qué lugares la estructura de RACK1 es más vulnerable. En principio, me quedo hasta el 31 de julio en el labo, aunque muchas cosas pueden pasar.